1990년 5월 25일 서울에서 '한국신석기시대연구회'(회장:정징원, 총무:한영희)가 결성된다. 신석기시대 연구자 간의 공동연구와 상호 원활한 정보교환을 통해 침체해있는 우리나라 신석기시대 고고학연구를 보다 활성화하고 연구자의 저변확대를 도모해 보자는 순수한 목적에서 시작되었다. 초기에는 신석기에 관심있는 사람끼리 모여 공동조사 및 답사, 필요한 정보 및 자료 교환, 공동관심사에 대한 의견 교환 등 기초적인 활동부터 시작하고자 하였다.

연구회 첫모임은 1992년 6월 13일 국립전주박물관에서 통영 연대도 패총유물을 관람하고 다음날 유적 현지를 답사하는 것으로 시작되었다. 당시 1차 모임에는 임효재, 정징원, 한영희, 장명수, 이동주, 신숙정, 조현복, 이기길, 장호수, 이주헌, 임학종이 회원으로 참석하였고 진소래(단대대학원)도 동참하였다. 당시 회의에서 토의사항을 보면 정기모임은 연 2회, 가능하면 유적발굴현장에서 모이는 것을 원칙으로 하였으며 회원자격은 고고학 관련 전문직종에 2년이상 종사한 연구자를 원칙으로 하였다. 첫모임 이후 하남 미사리유적, 금릉 송죽리유적 발굴현장 답사가 이루어졌으며 백홍기, 김성명, 박진우, 신종환, 양현주, 이주헌, 조현종, 임학종, 하인수가 추가로 회원으로 가입되었다.

1994년 4월 30일 충남대학교 박물관에서 열렸던 제4차 모임(가도패총 현장답사)에서 새 임원진(회장 임효재, 총무 한영희)이 구성되면서 연구회 사무실이 서울대학교 고고미술사학과(간사 김장석)로 이전되고 동년 6월 1일에는 학회 명칭도 한국신석기연구회로 개칭되었다. 한국신석기연구회(회장 임효재)가 출범되면서 기존의 유적 견학 외에 본격적인 학술회의가 1995년부터 제주도와 양양에서 개최되었으며 일본 九州繩文硏究會와 공동으로 한일신석기공동연구심포지움이 양국에서 격년제로 번갈아 가며 열리게 되었고 첫 모임이 대마도에서 개최되었다.

1996년 1월 9일에 열린 1995년도 총회에서는 임효재 회장이 한국고고학회 회장을 맡게됨에 따라 한영희 국립중앙박물관 고고부장(당시 직책)을 새 회장으로 선출하였고 정성희 회원이 간사를 보게 되었다. 이후에도 양양에서의 국제선사문화 심포지움이 계속 진행되고 제주도와 일본 鹿兒島에서 한일신석기공동연구회가 개최되는 등 기존 연구회 활동이 지속된다.

2000년 1월 29일에 열린 총회에서는 1999년 11월 26일 한영희 회장의 급작스러운 서거로 생긴 공백을 메꾸기 위해 안승모(원광 대학교)를 회장으로 임명하고 한국신석기연구회 회칙을 새로이 재정하였다. 회칙에 따라 연구회 고문에는 백홍기, 임효재, 정징원, 운영위원에는 고동순, 안덕임, 이상균, 임상택, 정성희, 하인수를 위촉하였다.